Пятый сезон начинается с необычной предпосылки. Дилан обнаруживает себя перенесенным в систему Сифра, состоящую из девяти идентичных почти бесплодных миров с суеверным населением и двух тусклых солнц. Технологии (особенно космические полеты) избегаются, и вода является сокровищем из-за постоянной засухи. Флавин (другой Парадин) встречает Дилана здесь, давая ему загадочные намеки о судьбе Дилана и том, чем раньше являлась Сифра. В конечном счете, на Сифре Дилан находит Ницшеанского воина Телемаха Раде, пилота Беку Валентайн и инженера супер-гения Шеймуса Харпера, и к его изумлению, они все прибыли в Сифру в разное время и места жительства у них разные. В частности Харпер прибыл на три года раньше Дилана с остатками андроида Ромми.

Пародия на телевизионные хоррор-шоу 80-х: дешёвое производство, ужасные диалоги, комическое насилие.

Авиалайнер совершал полёт над Тихим океаном и рухнул на один из его островов. С этой минуты остаться в живых станет целью для 48 уцелевших пассажиров. В экстремальной ситуации человек открывается таким, каким его раньше никто не знал. Кажется, все оказываются в общей беде. Но кто-то паникует, а кто-то обнаруживает в себе качества лидера, чтобы повести оставшихся за собой. Идти вперёд — значит выжить. Поддаться общему настроению, допустить сомнения в свою душу — означает погубить не только себя, но и всех остальных. Положение уцелевших усугубляет таинственный остров. Жертвы авиакатастрофы должны победить все опасности, которыми это местечко в Тихом океане пытается их погубить. Остров расставляет для спутников опасные ловушки, тот кто не может справиться — погибает.

Чудом уцелев после нападения Сайлонов на колонии Кобола, гражданский колониальный флот в сопровождении Звёздного крейсера Галактика летит прочь от мест, где их могут найти вражеские силы. Восстановив гражданское правительство и собрав все имеющиеся силы, остатки человечества начинают неравную борьбу со временем, обстоятельствами и Сайлонами. Разбираясь с всё новыми внешними и внутренними проблемами, постепенно раскрывая личности 12 человекоподобных моделей Сайлонов, они летят на поиски давно потерянной 13 колонии Кобола, упоминания о которой есть в древних сказаниях, нового дома, имя которому — Земля.

В Антарктиде найдены особые Звездные Врата, которые позволяют переместиться в далекую галактику Пегас, куда 10000 лет назад ушли Древние вместе со своим легендарным городом Атлантидой (Атлантисом). Однако экспедиция, отправившаяся туда, находит город пустым и погруженным под воду. МНТ истощены, энергии недостаточно ни на поддержание щита, ни на возвращение на Землю. Жители Атлантиса вынуждены искать новый дом в галактике Пегас. Деревня Атозианцев переживает нападение Рейфов. Многие жители забраны на корабли-ульи. Вместе с ними и полковник Самнер. Оставшихся жителей майор Шеппард перемещает на Атлантис, чем вызывает перегрузку щита и систем обеспечения. Но вместо затопления город поднимается на поверхность....