В мире Star Trek прошло 80 лет. Сменился экипаж, усовершенствовались технологии, сменился даже Энтерпрайз. Остались только знакомое и полюбившиеся нам имя корабля и не изменились цели его команды — Смело идти туда, где не ступала нога человека! На мостике — Следующее Поколение…

Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают работу над проектом «Секретные материалы». Это архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё поддаётся разумному объяснению. Постепенно взаимное недоверие перерастает в дружбу и даже в более глубокое чувство.