Третий сезон имеет самый эпизодический формат из всех. Содружество Систем уже восстановлено, но большого прогресса в борьбе с Магогами и Бездной нет. Несколько эпизодов третьего сезона исследуют Трэнс и её фактическую роль. Один эпизод (Туманное прошлое) снят полностью с точки зрения Трэнс, показывая, что она «живет» через все возможные дополнительные будущие прежде, чем выбрать правильное будущее. Этот сезон показывает несколько запутывающих дополнений, ремонтов и изменений на Андромеде, её команде и Содружестве.

Капитан Малькольм Рейнольдс — закаленный в боях ветеран галактической гражданской войны, сражавшийся не на той (проигравшей) стороне, зарабатывает на жизнь мелкими преступлениями и перевозит грузы на своем корабле «Серенити». Он возглавляет небольшую разношерстную команду, которая порядком смахивает на самую обычную семью — ее члены вечно ссорятся, не соблюдают дисциплину, но никогда не предадут своего капитана и пойдут за ним хоть на край света.