Второй сезон показывает команду, реагирующую на внезапную потребность в Новом Содружестве, после открытия корабля-мира, который прибудет в Известные Миры через несколько лет, поскольку они начинают убеждаться в том, что мечта становится реальностью. Множество миров стали более склонны к подписыванию хартии после известий о корабле-мире Магогов. Также Дилан становится более жестким в своих действиях.

1989 год, метеоритный дождь в городе Смолвиль наносит невиданные разрушения, а в бездетной семье жителей Смолвиля странным образом появляется маленький ребёнок — Кларк Кент. Прошло много лет. Кларк уже учится в школе. Его ошеломляющие способности заставляют его чаще задуматься о том, кто он собственно такой. К тому же он влюблен в одноклассницу — Лану Лэнг, чьи родители пропали во время метеоритного дождя. Этот фактор значительно осложняет их отношения. Внимательные родители Кларка пытаются любым путём сберечь его секрет, даже возбраняют ему выступать в школьной футбольной команде. Однажды Кларк спас жизнь молодого бизнесмена Лекса Лютера, когда машина бизнесмена, потеряв управление, падает с моста в реку. С этого обстоятельства и завязывается череда многообразных похождений супермена — Кларка Кента.

Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают работу над проектом «Секретные материалы». Это архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё поддаётся разумному объяснению. Постепенно взаимное недоверие перерастает в дружбу и даже в более глубокое чувство.