Первый сезон сериала показывает Дилана Ханта, собирающего команду и приспосабливающегося к новой вселенной, пытаясь создать Новое Содружество Систем. Идея Нового Содружества оказалась непопулярной, — в течение сезона фактически только 6 цивилизаций подписывают Хартию Содружества. Супердержавы, такие как Гегемония Танов или Ницшеанские племена Сабро и Ягуар, не заинтересованы в Новом Содружестве. Также Дилан приобрёл довольно много врагов (включая сильнейшее Ницшеанское племя — Драго-Касов).

Агентам ФБР Дане Скалли и Фоксу Малдеру поручают работу над проектом «Секретные материалы». Это архив нераскрытых дел, связанных с паранормальными явлениями. Малдер верит в пришельцев и пытается убедить скептика Скалли, что не всё поддаётся разумному объяснению. Постепенно взаимное недоверие перерастает в дружбу и даже в более глубокое чувство.