Автоботы и десептиконы покинули планету, оставив человечество собирать ее по кусочкам. Между тем группа могущественных бизнесменов и гениальных ученых пытается извлечь уроки из ошибок прошлого и улучшить технологии до такой степени, чтобы выйти за пределы контролируемого ранее. В это время другая группа - древних мощных трансформеров - берет Землю под прицел.

В недалёком будущем мутанты близки к истреблению роботами-охотниками на мутантов Стражами. Единственная надежда для мутантов выжить - предотвратить череду роковых событий, приведших к появлению Стражей. С помощью своих способностей, Китти Прайд перемещает сознание Росомахи в его молодое тело в 1973 год. В прошлом всё оказывается не так радужно: молодой Профессор Икс окончательно разочарован в своих идеях, Магнето содержится в тюрьме глубоко под землёй, а человечество не знает как реагировать на широкое появление мутантов...

Численность генетически модифицированных обезьян, возглавляемых Цезарем, продолжает увеличиваться, но обезьянам угрожают люди, которым удалось выжить во время ужасной эпидемии десятилетней давности. Поначалу между соперниками устанавливается хрупкий мир, но он оказывается недолговечным. Обезьяны и люди находятся на грани войны, в ходе которой станет понятно, кто из них в будущем станет безраздельно править планетой.

Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.