Четвёрка пингвинов-шпионов — Шкипер, Ковальский, Рико и Прапор — объединяется с командой «Северный ветер», помогающей беззащитным животным. Им предстоит остановить злобного осьминога, доктора Октавиуса Брайна, желающего уничтожить этот мир…

Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.