В разгар холодной войны в Вашингтоне совершает посадку летающая тарелка: в ней прибывают посланник Клаату и его могучий робот Горт, делегированные федерацией планет, чтобы поставить народам Земли ультиматум о прекращении ядерных испытаний.Запаниковавшие военные открывают по космолету огонь и ранят посланника. Клаату осознает, что единственный способ договориться с землянами — это узнать их изнутри: он совершает побег из госпиталя и начинает собственное исследование планеты.

Пропадает без вести сотрудница ФБР, и последней надеждой её коллег становятся Фокс Малдер и Дана Скалли, бывшие специальные агенты, вынужденно, хотя и по разным причинам, оставившие службу. Единственным человеком, дающим следствию хоть какую-то информацию, является престарелый Джозеф Криссман, в прошлом священник, отбывший наказание за совращение малолетних, который уверяет, что картины совершённых преступлений непроизвольно - «по воле Бога» - возникают в его сознании...

Джек Карвер оказывается на тропическом острове после того, как его катер потерпел крушение во время шторма. На небольшом кусочке суши много секретных объектов, которые используются коварным профессором для выведения супер-мутантов. Главному герою придется столкнуться лицом к лицу со смертью и избавиться от головорезов злобного ученого, которые очень хотят вырваться на свободу.