Мужчина из будущего оказывается в закусочной в Лос-Анджелесе. Он пытается привлечь посетителей закусочной к борьбе с неуправляемым искусственным интеллектом.

Паразитический грибок вырывается с самого нижнего уровня бывшей военной базы США, где он был законсервирован правительством десятилетия назад. Повышение температуры под землёй провоцирует размножение этого заразного и быстро мутирующего организма. Он начинает воздействовать на всех обитателей комплекса, контролируя разум и разрушая тело. Тикейк и Наоми работают на складе индивидуального хранения, который обосновался на территории бывшей базы. Теперь при поддержке отставного специалиста по биологическому терроризму им предстоит сдержать угрозу и предотвратить вымирание человечества.

Учебный отряд рейнджеров Армии США отправляется на последнее испытание в ходе подготовки. Тренировочная миссия выходит из-под контроля, когда подразделение встречает в лесу огромного боевого робота неизвестного происхождения. Продвинутая машина открывает охоту на новобранцев, и, чтобы выжить, сапёру с позывным «81» приходится возглавить группу.

В фильме переплелись три истории из разных эпох: доисторическая, современная и далёкое будущее. Семья первобытных людей в борьбе за выживание в доисторическую эпоху, антрополог Клэр, изучающая человеческие останки и разбирающаяся в личных отношениях в настоящем, и астронавтка Коакли, летящая к новой планете, — каждая из них сталкивается с собственными страхами и надеждами. Эти истории не связаны напрямую, но их объединяет то, как они показывают вечные человеческие переживания и выбор в разных временных периодах.

Они - самый большой секрет Земли. Они работают на неофициальное правительственное агентство, регулирующее деятельность инопланетян на Земле. Они - это лучшая, последняя и единственная линия защиты Земли от отбросов вселенной. Их работа секретна, их оружие совершенно, им нет равных, они не оставляют следов. Они - это Люди в черном.

В недалеком будущем, где стали возможны путешествия во времени, некая корпорация убирает нежелательных людей, отправляя их в прошлое. Задача принимающей стороны — убить жертву, стерев тем самым несчастного из истории.

Агент Джей узнает, что никакого защитного галактического щита, способного отразить иноземный удар, не существует. Агент Кей не построил его, потому что был убит в 1969 году. Агент Джей должен совершить путешествие во времени, чтобы спасти Землю и жизнь напарника.

Амбициозный специалист Андрей получает выгодное предложение в Москве. Он вынужден оставить не только родной город, но и любимую девушку Яну. Влюблённые проводят вместе последний день. Внутренние сомнения Андрея заставляют «сойти с рельс» саму реальность.

Студентка Дина возвращается в родной городок и отправляется вместо приболевшей подруги посидеть с маленьким сыном шерифа. Год назад здесь произошло жуткое убийство няни, которое так и не было раскрыто, и в то время как шериф возобновляет расследование из-за внезапно появляющихся новых улик, тот самый маньяк уже выбрал Дину своей следующей жертвой.

Мелисса ищет передышку от своей бурной жизни и устраивается работать на дозорной пожарной башне в лесу. После заступления в дозор вокруг начинает происходить нечто необъяснимое. То, что обещало быть рутинной сменой лесного рейнджера, превращается в борьбу за выживание с невидимой и безжалостной силой, нарушающей все законы природы и разума.