В разгар холодной войны в Вашингтоне совершает посадку летающая тарелка: в ней прибывают посланник Клаату и его могучий робот Горт, делегированные федерацией планет, чтобы поставить народам Земли ультиматум о прекращении ядерных испытаний.Запаниковавшие военные открывают по космолету огонь и ранят посланника. Клаату осознает, что единственный способ договориться с землянами — это узнать их изнутри: он совершает побег из госпиталя и начинает собственное исследование планеты.

Пропадает без вести сотрудница ФБР, и последней надеждой её коллег становятся Фокс Малдер и Дана Скалли, бывшие специальные агенты, вынужденно, хотя и по разным причинам, оставившие службу. Единственным человеком, дающим следствию хоть какую-то информацию, является престарелый Джозеф Криссман, в прошлом священник, отбывший наказание за совращение малолетних, который уверяет, что картины совершённых преступлений непроизвольно - «по воле Бога» - возникают в его сознании...