Сериал воссоединит самую популярную команду супергероев: Железный Человек, Халк, Капитан Америка, Тор, Соколиный Глаз, Черная Вдова, а также новичок Сокол. Впервые в истории анимации команда соберется в таком составе. Ведомые Железным Человеком, герои тренируются и живут вместе в своей новой штаб-квартире в Башне Мстителей. Самый опасные злодеи планеты не имеют ни единого шанса, когда речь идет о Мстителях. Остановить Доктора Дума или отвоевать Асгард, защитить Нью-Йорк от армии Аттумы или победить вампиров Дракулы — Мстители должны работать в команде, чтобы победить.

Уединенный странник встречает Кая, молодого кузнеца мечей, и его сестру Нию, в их небольшой деревне, перед тем, как туда прибывает армия ужасающих скелетов, намеренная разграбить их лавку. Злодеи крадут карту, спрятанную отцом Кая несколько лет назад, а также Нию! Теперь Каю предстоит преодолеть нелегкий путь, прежде чем он сможет освободить свою сестру, и поможет ему в этом, его новый загаданный друг, Сенсей Ву Гармадон.

До недавнего времени Кренги считались самой большой угрозой для Земли и были главными врагами черепашек. Но объявились Трицератоны - раса самых злых пришельцев во вселенной, которые прилетели на Землю, чтобы покончить со своим старейшим врагом - Кренгами. Они применили генератор чёрных дыр, уничтожив при этом всё живое. Удалось спастись лишь команде черепашек, а также Кейси и Эйприл, которых загадочный робот Фугитойд отправил на свой космический корабль. Новый союзник наших героев когда-то был профессором Ханиккатом, но теперь заключён в тело андроида с человеческим мозгом. Он посылает их на полгода назад, чтобы черепашки смогли отыскать части смертельного оружия раньше Трицератонов.