Путешествие наших героев продолжается, но перед этим их ждёт несколько встреч со знакомыми лицами. Юный ниндзя Санпей бросает Эшу скрытный вызов, Серена пытается воплотить свою мечту поке-деятеля, а злобный Маламар возвращается, чтобы привести в действие новую часть своего злодейского плана! Тем временем робкий Гуми падает на Эша и его друзей на их пути в город Кумарин - место проведения четвёртой битвы Эша за значок и дебюта Серены на ПокеПоказе.

Принцесса волшебного измерения Мьюни Звёздочка Баттерфляй в 14 лет получает волшебную палочку от своей матери по наследству. Родители отправляют её на Землю, где она находит нового друга — Марко Диаза. Но Людо и его команду монстров не останавливает путешествие принцессы в другое измерение. Поэтому принцессе и её другу-каратисту Марко приходится постоянно сражаться с монстрами.

Вражда и шпионаж, модные в 60-ые годы дожили до наших дней. Мир, в котором происходит действие, совмещает современность и то, каким видели будущее в середине XX века. В этом мире суперзлодеи враждуют с супергероями, суперучёнными или между собой. Во избежание беспредела вражда регулируется некими подпольными преступными синдикатами организованного хаоса, наиболее крупный из которых - Гильдия Пагубных Намерений. Она помогает подобрать заклятого врага и контролирует исполнение своего устава, чтобы всё было честно. Из-за коррупции полиция не вмешивается в их дела, однако действует разведка: "Если мы не будем подглядывать за соседями, плохие ребята сделают бомбу и весь мир взорвётся!". Многие персонажи, как положительные, так и отрицательные, заимствованы из вселенных Marvel и DC, но снабжены всеми пороками. Мультсериал содержит немалое количество пародий и отсылок к реалиям и массовой культуре ушедшего столетия.

До недавнего времени Кренги считались самой большой угрозой для Земли и были главными врагами черепашек. Но объявились Трицератоны - раса самых злых пришельцев во вселенной, которые прилетели на Землю, чтобы покончить со своим старейшим врагом - Кренгами. Они применили генератор чёрных дыр, уничтожив при этом всё живое. Удалось спастись лишь команде черепашек, а также Кейси и Эйприл, которых загадочный робот Фугитойд отправил на свой космический корабль. Новый союзник наших героев когда-то был профессором Ханиккатом, но теперь заключён в тело андроида с человеческим мозгом. Он посылает их на полгода назад, чтобы черепашки смогли отыскать части смертельного оружия раньше Трицератонов.