После того как король превратился в жабу, бразды правления королевством перешли Шрэку и его жене Фионе. Герои оказались не в восторге от такой перспективы, заявив что хотят спокойно жить на своем болоте. Тогда им предложили найти наследника престола – мальчугана Арти, племянника королевы Лилиан, а потом спокойно отправляться к себе домой на болото. Шрэк, Осел и Кот отправляются в далекое путешествие, чтобы уговорить мальчика стать королем Артуром, а Фионе в это время приходится удерживать трон, от посягательств на него принца Чарминга...

Странные события происходят в Нью-Йорке: некий ученый Марк Уинтерс собирает армию древних монстров с единственной целью — поработить мир. Черепашки необходимы больше, чем когда-либо, но Рафаэль, Донателло и Микеланджело исчезли. Поэтому Леонардо должен восстановить единство команды, чтобы затем спасти город!

Когда на планете Земля пересохли все реки, исчезли леса, а воздух превратился в пыль, люди исколесили Галактику, чтобы найти себе новый дом. Прекрасная планета Терра стала надеждой людей на спасение. Хитроумное устройство землян Терраформер должен превратить Терру в рай для людей и кошмар для коренных жителей. Катастрофа для террианцев неизбежна, они обречены.