Приключение начинается, когда появляется Мьюту - искусственно созданный покемон на основе ДНК Мью, самого редкого из всех покемонов. Мьюту сбегает из лаборатории, в которой его создали, и намерен доказать своё превосходство. Он привлекает несколько талантливых тренеров на невиданную битву. Разумеется, Эш и друзья рады принять вызов!