Наруто сажают в тюрьму под названием «Кровавая тюрьма» за покушение на убийство Райкагэ и убийство нескольких синоби, и Наруто пытается доказать свою невиновность.

Действие разворачивается в нашем светлом будущем, где война с терроризмом вышла на новый виток, после того как Сараево было уничтожено самодельной ядерной бомбой. Бывшие демократические державы окончательно превратились в государства тотальной слежки, а страны третьего мира захлестнула волна этнических чисток. Мир погрузился в пучины хаоса и насилия. И на руинах некогда более-менее благополучной цивилизации агент американской разведки Клэвис Шепард выслеживает загадочного предводителя террористов Джона Пола (тоже американца), чьи действия, похоже, и привели к нынешнему положению вещей…