Наруто сажают в тюрьму под названием «Кровавая тюрьма» за покушение на убийство Райкагэ и убийство нескольких синоби, и Наруто пытается доказать свою невиновность.

Европа XIX века. Студент Джон Уотсон был завербован службой разведки в качестве секретного агента. Технократия — мир, где наука совершила невероятный прорыв для любой промышленности. Создание гомункулов поставлено на поток, и существа с мёртвыми телами и искусственной душой используются во всех сферах жизни в роли солдат и рабочей силы. Джона забрасывают в Афганистан в качестве военного медика, а также с целью наконец открыть тайну происходящего.