В детстве Син потерял мать и с тех пор стал замкнутым и нелюдимым. Котори — его подруга детства, которая всегда о нём заботилась. Однажды перед ними появляются их двойники из параллельного мира.

На Наруто возложена миссия захватить Мукаде (Мукаде был одним из шпионов Сасори) пропавшего без вести. Наруто Узумаки отправляется к руинам долины «Оурен» и находит там Мукаде. Цель Мукаде — найти источник некой силы, что дремлет в этих руинах. Мукаде пытается воспользоваться этой силой и по не осторожности мощный луч света охватывает Наруто и отправляет его в прошлое, на 20 лет назад. Когда Наруто просыпается, он встречает четвертого Хокаге Минато Намиказе.

Девята, потерявшийся в Токио мальчик, проникает в альтернативную вселенную, где его растит борющийся за свое существование человек-медведь по имени Межвежут. Он долгое время обучает мальчика боевым искусствам. В итоге Девята становится участником катаклизма, охватившего оба мира.

Наруто сажают в тюрьму под названием «Кровавая тюрьма» за покушение на убийство Райкагэ и убийство нескольких синоби, и Наруто пытается доказать свою невиновность.

После смерти приёмного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Сиро узнал, что родной город Фуюки - арена магической битвы, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет - и уже пришла пора новой. Согласно древним законам, битву ведут семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу — одного из вечных героев ушедших или будущих эпох. Последний оставшийся Мастер получает Грааль — величайшее сокровище, которое выполняет любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, вчерашний друг может оказаться соперником и без раздумий предать, ударить в спину. Узнав правду, Сиро становится перед тяжким выбором — уйти, отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все — невеликий (так он думает) магический дар, горячее сердце, отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог.

Действие разворачивается в нашем светлом будущем, где война с терроризмом вышла на новый виток, после того как Сараево было уничтожено самодельной ядерной бомбой. Бывшие демократические державы окончательно превратились в государства тотальной слежки, а страны третьего мира захлестнула волна этнических чисток. Мир погрузился в пучины хаоса и насилия. И на руинах некогда более-менее благополучной цивилизации агент американской разведки Клэвис Шепард выслеживает загадочного предводителя террористов Джона Пола (тоже американца), чьи действия, похоже, и привели к нынешнему положению вещей…