Фильм рассказывает о приключениях писателя Ньюта Саламандера в Нью-Йоркском секретном обществе волшебниц и волшебников, происходивших за 70 лет до того, как Гарри Поттер прочитает книгу этого писателя в школе.

Выдающийся учёный и его команда отправляются в самое сердце диких джунглей, где их ждут опасные приключения, свирепые туземцы и расхитители гробниц, до зубов вооруженные гаджетами.

На этот раз главной героине предстоит отправиться в путешествие во времени, полное неожиданностей и ярких открытий, чтобы спасти своего друга, Безумного Шляпника.

Кубо — наследник великого рода, но когда возвратились духи прошлого, жаждущие мести, на его защиту отважилась встать лишь странная парочка хранителей. И теперь для Кубо единственный шанс на спасение — найти магические доспехи отца, легендарного самурая.